Στον «απάτριδο» χρόνο μετά τον θάνατο του Ιβάν του Τρομερού, με τον άρρωστο και αδύναμο Φιόντορ, οι μπόγιαροι ξεκίνησαν έναν ανοιχτό αγώνα για την εξουσία. Ο πιο δυνατός από αυτούς ήταν ο πρώην oprichnik Godunov. Μετά το θάνατο του Θεόδωρου, ο Πατριάρχης Ιώβ συγκέντρωσε έναν Zemsky Sobor για να εκλέξει έναν νέο κυρίαρχο. Σε αυτόν τον καθεδρικό ναό συγκεντρώθηκαν το Συμβούλιο του Πατριάρχη, η Μπογιάρ Δούμα και υπάλληλοι και εκπρόσωποι του εμπορικού και βιομηχανικού πληθυσμού της Μόσχας. Οι πιο πιθανοί υποψήφιοι ήταν δύο άτομα: ο κουνιάδος του τσάρου Μπόρις Φιοντόροβιτς Γκοντούνοφ και ο ξάδερφος του Τσάρου Φιοντόρ, ο μεγαλύτερος γιος του Νικήτα Ρομάνοβιτς - Φιοντόρ Νίκιτιτς Ρομάνοφ.
Τα χρόνια της βασιλείας του Μπόρις Γκοντούνοφ ήρθαν σε μια δύσκολη περίοδο στην ιστορία του ρωσικού κράτους. Αυτή ήταν η περίοδος από το 1598 έως το 1605. Στην πραγματικότητα, ο μελλοντικός τσάρος βρισκόταν στην εξουσία ήδη υπό τον άρρωστο γιο του Ιβάν του Τρομερού, Φιόντορ.
Η βασιλεία του Μπόρις Γκοντούνοφ ξεκίνησε διφορούμενα. Τον Φεβρουάριο του 1598, το Συμβούλιο πρόσφερε τον θρόνο στον Μπόρις, αλλά εκείνος αρνήθηκε. Για να συμφωνήσει, οργανώθηκε θρησκευτική πομπή προς το Maiden Convent, όπου ο Μπόρις έμενε με την αδερφή του. Ο μελλοντικός βασιλιάς αναγκάστηκε να συμφωνήσει να ανέβει στο θρόνο. Έτσι, η εκλογή του Γκοντούνοφ ήταν δημοφιλής. Ωστόσο, την ίδια στιγμήπιστευόταν ότι κατέφυγε κρυφά σε απειλές και δωροδοκία για να το πετύχει.
Ο Μπόρις παντρεύτηκε το βασίλειο μόλις την 1η Σεπτεμβρίου, πεπεισμένος για τη δύναμη των εκλογών του λαού. Η βασιλεία του Μπόρις Γκοντούνοφ σε όλο το μήκος της διακρίθηκε από εξαιρετική προσοχή. Φοβόταν τις απόπειρες της εξουσίας του, εξάλειψε όλους τους καχύποπτους γι' αυτόν. Ο πραγματικός του αντίπαλος ήταν μόνο ο Fedor Nikitich Romanov, με αποτέλεσμα όλοι οι Romanov να δικαστούν με την κατηγορία της συνωμοσίας εναντίον του κυρίαρχου. Οι βογιάροι δεν συμπαθούσαν τον τσάρο, θεωρώντας τον διάδοχο του Τρομερού με τον διωγμό των ευγενών.
Η βασιλεία του Μπόρις Γκοντούνοφ ήταν συνέχεια της πολιτικής του Φιοντόρ, ή μάλλον αυτό που έκανε ο Γκοντούνοφ υπό τον ίδιο. Με κάθε τρόπο, επεδίωξε να αποκαταστήσει την ευημερία του λαού, που παραβιάστηκε στην εποχή του Γκρόζνι. Στην εξωτερική πολιτική, προσπάθησε να αποφύγει τις συγκρούσεις, να απέχει από νέους πολέμους. Νοιαζόταν για την ενίσχυση της δικαιοσύνης, ήθελε να είναι καλός κυρίαρχος του λαού. Πραγματικά έδωσε πολλά οφέλη στον απλό κόσμο. Τρία συνεχόμενα χρόνια, από το 1601, υπήρξε μια αποτυχία της καλλιέργειας, η οποία οδήγησε σε τεράστιους θανάτους από πείνα. Ο Μπόρις οργάνωσε δωρεάν διανομή ψωμιού στους πεινασμένους από το βασιλικό θησαυροφυλάκιο, άνοιξε μεγάλα κτίρια στην πρωτεύουσα για να δώσει στους ανθρώπους εισόδημα.
Η βασιλεία του Μπόρις Γκοντούνοφ συνοδεύτηκε από πείνα, ληστεία, αλλά δεν ήταν δικό του λάθος. Ωστόσο, αυτό συνέβαλε στην αύξηση της δυσαρέσκειας με τον βασιλιά. Τον λιμό ακολούθησε μια δεύτερη ατυχία - μια λαϊκή εξέγερση για τον αυτοαποκαλούμενο Τσαρέβιτς Ντμίτρι. Κατά τη διάρκεια αυτού του αγώνα, ο ΜπόριςΟ Γκοντούνοφ πέθανε απροσδόκητα (1605).
Ο
Ο Γκοντούνοφ έδωσε μεγάλη σημασία στην ευρωπαϊκή εκπαίδευση. Ο βασιλιάς επικοινώνησε με ξένους ειδικούς στον τομέα της τεχνολογίας και της ιατρικής, τους πήγε πρόθυμα στη δημόσια υπηρεσία. Έστειλε νέους σε ξένες χώρες, σχεδίασε να οργανώσει σχολεία της Μόσχας με ξένο τρόπο. Σχημάτισε στρατιωτικό απόσπασμα Γερμανών κατά ξένο πρότυπο. Υπό τον Γκοντούνοφ, η κυβέρνηση της Μόσχας ήταν σαφώς προσηλωμένη σε στενότερες επαφές με τη διαφωτισμένη Δύση και την αφομοίωση της ευρωπαϊκής γνώσης.
Έτσι η βασιλεία του Μπόρις Γκοντούνοφ περιγράφεται εν συντομία από τους περισσότερους ιστορικούς. Πολλοί αμφιβάλλουν για το πόσο νόμιμα πήρε την εξουσία, πιστεύοντας ότι το έργο του ήταν η δολοφονία του μικρότερου γιου του Τρομερού, Τσαρέβιτς Ντμίτρι, στο Uglich.
